Установлен CLDM. Есть желание пересобрать все пакеты с march=native. Подскажите, это возможно сделать только переключением профиля на один из профилей Gentoo, или можно как-то оставаясь в профиле Calculate произвести эту операцию?
Не нужно профиль переключать.
В /etc/portage/make.conf/custom:
FEATURES="${FEATURES} -getbinpkg"
CFLAGS="-O2 -march=native -pipe"
CXXFLAGS="${CFLAGS}"
потом в терминале от рута:
cl-update --sync-only --verbose
emerge --ask --verbose --emptytree --keep-going @world
dispatch-conf
Ну и USE флаги ещё включать-выключать, если нужно.
man make.conf
man emerge
man portage
Огромное спасибо за помощь. Помогло. Еще такой вопрос. Сейчас когда делаю emerge XXX у меня в терминале просто пишется Emerging… Вывод сообщений компилятора не показывается. Как сделать чтобы сообщения компилятора показывались в текущей консоли, или, что еще лучше как вывести их в отдельной консоли. Без этих сообщений непонятно чем занята система.
тут несколько вариантов:
tail -f /var/calculate/tmp/portage/имя пакета/temp/build.log
emerge --jobs=1 --quiet-build=n --verbose категория/имя пакета
ну или htop 
есть ещё Elogv
Это понятно. В настоящее время в основной консоли пишет
Installing (2 of 3) dev-python/pyside-1.2.2-r1::gentoo
Jobs: 2 of 3 complete, 1 running Load avg: 5.60, 6.58, 7.28
Загрузка всех 4-х ядер под 100%.
Путь /var/calculate/tmp/portage/dev-python отсутствует. Компиляция идет более 3-х часов. Чем занята система? Как понять?
dev-python/pyside уже установлен и emerge каталог сборки удалил.
Смотри последний Emerging, который без Installing.
Посмотри через файл-мененеджер /var/calculate/tmp/portage, что там происходит.