На днях пришлось повозиться с неприятной проблемой.
Её удалось решить, но поскольку другие пользователи Кальки также с ней могут столкнуться, решил написать на форуме.
После очередного обновления обратил внимание что grub.conf необычно пуст. После перезагрузки grub отказался грузиться куда-либо кроме memtest86.
Загрузившись с flash диска, обнаружил что часть файлов в /etc/grub.d не имеет атрибута x.
После его восстановления команда
grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg
отработала штатно и система стала нормально грузиться.