Собственно, проблему описал в заголовке. Заметил это в первую очередь на pidgin (теряется история и настройки) и на dropbox (при каждом входе требует настраивать учетную запись заново).
Профиль доменный или локальный?
доменный
Покажите, пожалуйста, содержимое файла ~/.calculate/desktop.env пользователя.
[main]
date_logout = 2015-04-15 19:58:23
date = 2015-04-28 18:28:46
status_sync = success
[rsync]
files = 11034
exitcode = 0
То есть у вас профиль по сути 15 числа в последний раз нормально синхронизировался. В профиле нету случаем каких-либо файлов с правами рута или симлинков на директории с правами рута?
Разобрался. Причина была в скрипте размонтирования сетевых дисков. Переписал его по образцу скриптов из /usr/share/calculate/xdm/logout.d (с использованием функции run_script()) - все заработало нормально.