На всякий случай решил отзеркалить репорт с BGO, так как этот ебилд на вашем оверлее.
https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=635942
Столкнулся с этим только что, пересобирая с новым glibc, portage и gcc-6.4.0.
Проблема, кажется не связана с gcc, а скорее идёт из самого ебилда с его собственной последовательностью сборки. Если перейти в WORKDIR и просто набрать make, все проходит нормально.
[]{.–skipfirst .–resume .emerge .и .merge . .ebuild .только .осталось}