Странности с удалением зависимостей

Hi!

Мне после cl-update предладает удалить несколько пакетов, в том числе такие:

 * Список удаляемых пакетов  
 * Collection of patches for libtool.eclass app-portage/elt-patches-20170815
 * Компилятор для систем на основе библиотек GObject dev-lang/vala-0.36.13
 * Protocol Buffers implementation in C dev-libs/protobuf-c-1.3.0-r1
 * Инфраструктура сборки для пакетов, использующих язык Vala dev-libs/vala-common-0.36.13
....

Пишу No, т.к. там далее увидел пару пакетов что мне нужны, но когда пробую удалить vala вручную, то получаю такое:

emerge -cv dev-lang/vala

Calculating dependencies... done!
  dev-lang/vala-0.36.13 pulled in by:
    app-crypt/gcr-3.28.0 requires dev-lang/vala:0.36[vapigen(+)]
...

и далее зависмости тянутся к пакетам, которые не предлагало удалить с cl-update, а если далее пойти по зависимостям,

  app-crypt/gcr-3.28.0 pulled in by:
    app-crypt/pinentry-1.1.0-r2 requires app-crypt/gcr
    gnome-base/gnome-keyring-3.28.2 requires >=app-crypt/gcr-3.27.90:=[gtk], >=app-crypt/gcr-3.27.90:0/1=[gtk]
    gnome-extra/nm-applet-1.8.18 requires >=app-crypt/gcr-3.14:0/1=[gtk], >=app-crypt/gcr-3.14:=[gtk]

...

  gnome-base/libgnome-keyring-3.12.0-r1 pulled in by:
    net-misc/networkmanager-l2tp-0.9.8.7 requires gnome-base/libgnome-keyring

....

  gnome-extra/nm-applet-1.8.18 pulled in by:
    net-misc/networkmanager-openvpn-1.8.8 requires >=gnome-extra/nm-applet-1.7.0
    net-misc/networkmanager-pptp-1.2.8 requires >=gnome-extra/nm-applet-1.2.0
    net-misc/networkmanager-vpnc-1.2.6 requires >=gnome-extra/nm-applet-1.2.0

Вопрос: почему net-misc/networkmanager-* не предлагает удалить?

И такое же я видел на других пакетах ранее.

И в довесок ещё 1 связь, упирающаяся в установленый мною пакет - в skype:

  dev-lang/vala-0.36.13 pulled in by:
    app-crypt/gcr-3.28.0 requires dev-lang/vala:0.36[vapigen(+)]

  app-crypt/gcr-3.28.0 pulled in by:
    app-crypt/pinentry-1.1.0-r2 requires app-crypt/gcr
    gnome-base/gnome-keyring-3.28.2 requires >=app-crypt/gcr-3.27.90:0/1=[gtk], >=app-crypt/gcr-3.27.90:=[gtk]

  gnome-base/gnome-keyring-3.28.2 pulled in by:
    app-crypt/libsecret-0.18.6-r1 requires >=gnome-base/gnome-keyring-3

  app-crypt/libsecret-0.18.6-r1 pulled in by:
    app-crypt/pinentry-1.1.0-r2 requires app-crypt/libsecret
    net-im/skypeforlinux-8.33.0.41-r1 requires app-crypt/libsecret[abi_x86_64(-)]
    net-misc/networkmanager-openconnect-1.2.4-r1 requires >=app-crypt/libsecret-0.18

для пакета который не надо удалять
emerge --noreplace package_name
portage запишит его в /var/lib/world

Это я знаю,
но вопрос – почему все зависимости не отслеживаются, revdep-rebuild говорит что всё OK.

revdep-rebuild не будет твои зависимости разруливать. Он только поломанные либы пересоберет если они есть.