Так он с бинарного пакета и был установлен, emerge сам так поставил.
Могу предположить, что проблема в установке в режиме builder, только вот как её решить?
—upd
Разобрался. Удалил из /mnt/scratch/workspace/usr/lib папку chromium-browser, удалил ~/.config/chromium и всё стало нормально.